Yeni Transkriptom Testi ile Kanser Gen Füzyonları Tespiti

Son yıllarda kanser tanı ve tedavi planlamasında gen füzyonlarının tespiti büyük önem kazanmıştır. Gen füzyonları, genomdaki yapısal değişimler sonucu ortaya çıkarak, anormal proteinlerin oluşmasına ve tümör gelişimi ile hayatta kalmanın desteklenmesine yol açar. Bu nedenle, gen füzyonlarının doğru ve zamanında tanımlanması, hassas onkoloji uygulamalarında temel bir gerekliliktir. Ancak mevcut yöntemler genellikle duyarlılık, özgüllük ya da farklı kanser tiplerine uygulanabilirlik açısından sınırlamalar taşımaktadır. Son olarak, BMC Cancer’da yayımlanan kapsamlı bir çalışma, klinik kanser örneklerinde gen füzyonlarının detaylı ve güvenilir tespiti için geliştirilmiş yenilikçi bir tam transkriptom dizileme (Whole Transcriptome Sequencing – WTS) testi ortaya koymuştur.

Zhao ve arkadaşları tarafından geliştirilen bu gelişmiş WTS testi, sadece gen füzyonlarını değil, aynı zamanda MET exon 14 atlanması ve EGFR VIII gibi önemli RNA değişikliklerini de yüksek hassasiyetle yakalayabilen, klinik kullanımda geniş potansiyel vadeden bir platform sunuyor. Hedefe yönelik paneller yerine tam transkriptomun incelenmesi, transkriptom içindeki tüm RNA dizilerinin tarafsız bir şekilde gözlemlenmesini sağlamakta. Böylece hem bilinen hem de yeni tespit edilen füzyon varyantları ortaya çıkarılabiliyor; tanı, prognoz ve hedefe yönelik tedavi seçeneklerine yansıyan bulgular klinik anlamda değer kazanıyor.

RNA kalitesi, transkriptom analizi önünde önemli bir engeldir. Bozuk RNA dizileri, dizileme sonuçlarını ve füzyon tespitini olumsuz etkiler. Bu güçlüğü aşmak üzere ekip, RNA’daki 200 nükleotidden uzun parçaların oranını gösteren DV200 metriğini belirleyip, DV200 ≥ %30 sınırını test için kalite eşiği olarak koydu. Bu pratik kıstas, klinik laboratuvarların örnek uygunluğunu değerlendirmesine ve dizileme verimliliğini artırmasına olanak tanıyor; böylece RNA’nın klinik örneklerden elde edilmesinde yaşanan teknik engellerin önüne geçiliyor.

Testin geliştirilmesinde RNA miktarının ve dizileme derinliğinin optimize edilmesi ayrı bir önem taşıyor. Araştırmacılar, en az 100 ng RNA girişi ile birlikte her örnek için 80 milyon eşleşmiş okuma (mapped reads) sayısının duyarlılığı maksimize ettiğini ortaya koydu. Ayrıca füzyon transkriptlerinin en az 40 kopya/ng RNA olması, yakalanan füzyonların güvenle tespit edilebilmesi için ifade eşiği olarak belirlendi. Bu sayede sadece tespit verileri değil, protokol standardizasyonu da klinik ortamda sağlanabiliyor.

WTS testinin doğrulanması aşamasında etkileyici sonuçlar elde edildi. Daha önce doğrulanmış 63 gen füzyon pozitif örnekten 62’sinde doğru tespit yapılarak %98,4’lük bir duyarlılık yakalandı. Ayrıca, 21 füzyon-negatif örnekte hiç yanlış pozitif bulunmadı ve %100 özgüllüğe ulaşıldı. Bu yüksek duyarlılık ve özgüllük kombinasyonu, klinik tanı amaçlı güvenilirliği artırarak sahte olumlu ya da negatif sonuçların önüne geçilmesini sağlıyor.

Tekrarlanabilirlik ve güvenilirlik ise bir tanı testinin klinik değerini direkt etkiler. Araştırma ekibi, birden çok örnek üzerinde tekrarlı analizler yaparak testin tutarlılığını doğruladı. Buna karşın, TPM3::NTRK1 füzyonu gibi çok düşük eksprese olan bazı füzyonlarda, belirlenen eşiklerin altında kalındığı tespit edildi. Bu durum, ultra düşük seviyedeki füzyonların tespiti konusunda hala bazı zorlukların sürdüğünü gösteriyor. Ancak genel olarak testin birçok farklı füzyon tespit senaryosunda rahatlıkla uygulanabilir olduğu ortaya çıktı.

Çalışmanın en çarpıcı boyutlarından biri, testin gerçek hasta örneklerinde, özellikle de küçük hücre dışı akciğer kanseri (NSCLC) vakalarında uygulanması oldu. Burada tespit edilen füzyonların %68,9’u potansiyel olarak hedefe yönelik tedavilere yol gösterici nitelikteydi. Bu oran, daha geniş pan-kanser kohortunda gözlenen ve %20 olan hedefe yönelik füzyon oranından anlamlı derecede yüksekti. Bu durum, testin kişiye özel tedavi tercihlerinin şekillendirilmesinde ne kadar etkili olabileceğini ortaya koyuyor.

Hedefe yönelik olanların dışında, test birçok tümör tipinde tanı ve prognoz açısından önemli olabilecek yeni gen füzyonlarını da ortaya çıkardı. Bu veriler, onkolojide füzyonların kapsamlı anlaşılmasını genişletiyor ve yeni biyobelirteç araştırmalarına zemin hazırlıyor. Tümör çeşitliliği dikkate alınarak sistematik bir füzyon profillemesi yapılabilmesi, tam transkriptom dizilemenin esnekliği ve kapsamlı gücünü bir kez daha kanıtlamış oldu.

Teknik açıdan, WTS testi gelişmiş dizileme teknolojileri ile optimize edilmiş biyoinformatik altyapısını birleştiriyor. Bu sayede sadece gen füzyonları değil, klinikte önemi olan MET exon 14 atlanması ve EGFR VIII alterasyonları da aynı anda değerlendirilebiliyor. Çoklu RNA anormalliklerinin birlikte tespit edilmesi, moleküler tanıyı tek bir kapsamlı ve entegre iş akışında toplayarak laboratuvar işlemlerini kolaylaştırıyor.

Hedefe yönelik panellere kıyasla test, önceden belirlenmiş füzyon partnerleri ile sınırlı kalmıyor ve nadir ya da alışılmadık füzyonların keşfine olanak tanıyor. Bu özellik, heterojen tümör yapısında ya da henüz keşfedilmemiş yeni füzyonların terapötik stratejilere dahil edilmesinde büyük avantaj sağlıyor. Tam transkriptom dizilemenin açık uçlu yapısı, hem tanısal hem de araştırma amaçlı kanser genomiklerinde önemli bir standardı temsil ediyor.

Araştırma, kalite kontrol metriklerinin ve standart eşiklerin klinik kullanıma geçişi hızlandırıcı rolüne de dikkat çekiyor. RNA girişi miktarı, DV200 değeri ve minimal okuma sayıları gibi parametreler, testin güvenilirliğinin temelini oluşturuyor ve farklı laboratuvarlarda tutarlı sonuçlar elde edilmesini sağlıyor. Bu teknik disiplini benimseyen laboratuvarlar, testin sunduğu yüksek duyarlılık ve özgüllüğü geniş klinik ortamlarda da yakalayabilir.

Testin yüksek duyarlılığı, düşük seviye füzyonları da saptama imkanı vererek erken tanı ve hastalık takibi açısından önem taşıyor. Küçük miktarda bile olsa varlığını sürdüren füzyon transkriptlerinin tespiti, minimal rezidüel hastalığın izlenmesinde ve hastaların daha hassas değerlendirilmesinde pozitif rol oynayabilir. Bu durum, hastalık yönetiminde doğru zamanlamada müdahale şansını arttırmaktadır.

İleriye dönük olarak, bu tür WTS testlerinin klinik workflow içine entegrasyonu kanser bakımını dönüştürme potansiyeline sahiptir. Tek seferde tüm füzyon transkriptomunun yakalanması, moleküler tanıları hızlandırıp onkoloğa daha kapsayıcı bir tümör profili sunar. Kişiselleştirilmiş tedavi seçimleri, yeni klinik denemelere katılım veya özel takip gerektiren hasta gruplarının belirlenmesi bu kapsamda mümkün hale gelir.

Ayrıca, tanı ve prognoz önemi taşıyan füzyonların da teste dahil edilmesi, tümörlerin moleküler karakterizasyonunu zenginleştirir. Risk sınıflandırması ve tedavi kişiselleştirilmesinde güç kazandıran bu yaklaşım, hasta sonuçlarının iyileştirilmesine katkı sağlar. Kanser tedavisinde moleküler yönelimli kararların yaygınlaştığı günümüzde böyle kapsamlı testler, hassas onkolojinin geleceğini şekillendiren öncü araçlar olarak öne çıkmaktadır.

Sonuç olarak, Zhao ve ekibinin çalışması kanser genomiklerinde kayda değer bir ilerlemedir. Geliştirilen WTS testi, klinik kanser örneklerinde gen füzyonları ve ilgili RNA değişikliklerini hassas, özgül ve tekrarlanabilir biçimde tespit etme imkanı sağlar. Tümör tipleri arasında kapsamlı füzyon profillemesi yapan bu teknik, moleküler tanıda yeni bir standart belirler ve tam transkriptom dizilemenin onkoloji alanındaki dönüştürücü gücünü pekiştirir.

Bu araştırmanın etkileri sadece teknik gelişmeyle sınırlı kalmayıp, her hastanın tümör transkriptomunu kullanarak optimal tedaviye yönelmeyi hedefleyen kişiselleştirilmiş kanser bakımında önemli bir adımı temsil etmektedir. Testlerin yaygınlaşması ve devam eden doğrulama çalışmaları, füzyon biyolojisi alanında yeni keşifleri hızlandırmakta ve ileri nesil dizileme teknolojileriyle erişilebilen hedeflerin katalogunu genişletmektedir.

Hassas onkoloji alanında moleküler karakterizasyon ve klinik uygulanabilirliği bir arada sunan araçlar, kanser tanı ve tedavisinin geleceğini belirleyecektir. Zhao ve arkadaşlarının geliştirdiği tam transkriptom dizileme testi, gen füzyonlarının karmaşıklığını ortaya çıkaran, kanser hastalarının tedavi yelpazesini zenginleştiren güçlü bir kaynak olarak bu yeni paradigmayı somutlaştırmaktadır.

—

**Araştırma Konusu**:
Klinik kanser örneklerinde gen füzyonları ve ilgili RNA değişikliklerinin tespiti için tam transkriptom dizileme testi geliştirilmesi.

**Makale Başlığı**:
Development and application of a whole transcriptome sequencing assay for the detection of gene fusions in clinical cancer specimens.

**Web References**:
https://doi.org/10.1186/s12885-025-14186-w

**Doi Referans**:
https://doi.org/10.1186/s12885-025-14186-w

**Resim Credits**:
Scienmag.com

**Anahtar Kelimeler**:
gen füzyon tespiti, tam transkriptom dizileme, kanser tanısı, RNA bozukluğu, MET exon 14 atlanması, EGFR VIII mutasyonu, hassas onkoloji, klinik moleküler tanı, biyoinformatik, moleküler biyobelirteç, kanser genomikleri, tedavi hedeflemesi, RNA kalite metriği, DV200, hedefe yönelik tedavi